A criação do Protocolo de Consulta Comunitário da Reserva de Desenvolvimento Sustentável Rio Amapá iniciou oficialmente em agosto de 2021. Todas as dez comunidades do entorno, que são usuárias diretas da unidade e participam ativamente de sua gestão e proteção diária, apoiaram e participaram do processo.

Ao longo do desenvolvimento do protocolo, foram realizadas sete reuniões nas comunidades de Democracia e Boa Esperança, as sedes dos dois polos da unidade. Essas oficinas contaram com a participação das comunidades e o apoio logístico e informacional do Instituto Internacional de Educação do Brasil (IEB), do Centro de Estudos em Sustentabilidade da Fundação Getulio Vargas (FGVCes) e do Conselho Nacional das Populações Extrativistas (CNS), reunindo cerca de 150 participantes.

A concepção do Protocolo de Consulta começou com duas oficinas de mobilização e sensibilização, destacando a importância dos Protocolos de Consulta para os territórios. Em seguida, três oficinas de discussão e idealização foram realizadas, nas quais os moradores elaboraram diagnósticos das pressões e ameaças sobre o território, discutiram estratégias para abordar esses problemas e criaram o texto-base do protocolo.

A Comissão de Criação do Protocolo de Consulta, formada por pelo menos três moradores de cada comunidade, foi responsável pela construção do texto base. No final do processo, ocorreram três rodadas de validação do documento junto às comunidades: duas para validação do texto e uma para validação do documento diagramado perante as comunidades da RDS Rio Amapá.