As ações do IEB estão estruturadas em programas e projetos executados pelo IEB Brasília, IEB Belém e IEB Sulam (Sul do Amazonas).

Esses projetos gravitam em torno de eixos temáticos: Governança Socioambiental, Povos Indígenas; Ordenamento Territorial; Cerrado e Gestão Financeira. De forma transversal aos projetos e programas, são realizadas ações de sistematização e disseminação de conhecimento, acompanhamento de processos relacionados às políticas públicas e ações de prestação de serviços consideradas estratégicas para o alcance dos objetivos dos programas e projetos do Instituto.