As ações do IEB estão estruturadas em programas e projetos executados pelo IEB Brasília, IEB Belém e IEB Sulam (Sul do Amazonas). Esses projetos gravitam em torno de três eixos temáticos: Apoio à pesquisa, formação e capacitação; Fortalecimento institucional; e Manejo de recursos naturais e gestão territorial. De forma transversal aos projetos e programas, são realizadas ações de sistematização e disseminação de conhecimento, acompanhamento de processos relacionados às políticas públicas e algumas ações de prestação de serviços, consideradas estratégicas para o alcance dos objetivos dos programas e projetos do Instituto.
